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公元2029年，在这个时代，以光、电子和生化技术为基础的电脑、AI和网络主导着每个人的生活。移动通讯向人体靠拢，从可移动通讯终端（mobile、手机等）开始，经由可穿戴通讯终端的阶段，逐渐发展到了可移植通讯终端的阶段。技术的发展使得通讯终端直接植入人体成为可能，人类的躯体和思想从此可以直接与标准的计算机和网络互动。这些可移植的终端逐渐的替代了过时的可移动/可穿戴技术，最终的发展形态就是Cyberbrain（电子脑）的原型。另一方面，通过机械部件来代替身体器官的义体技术“Cyborg Technology”飞速发展，甚至“所有器官都是人造的”这种极端的情况也可以轻松做到。改造一部分身体结构的人有之，只保留大脑而全身机械化的人有之，几乎所有人类都进行了不同程度的改造，很多人的身体都有着与网络连接的端口（在脖子后面），对他们来说，身体只是一个电脑终端而已，是一个容纳人类灵魂的容器。人类和机器融为一体，人和机器的界限也变得模糊。由于AI技术的高速发展，人和机器似乎只能通过有没有“灵魂（ghost）”来区分。 极端来说，一个全人造的义体，用程序控制就是机器AI，输入灵魂就变成了人，或者说是生化人。但是，“灵魂”究竟是什么呢？
Cyberbrain（电子脑）的流行，在将人脑与外部网络连接的同时，也使得人们开始处在脑部入侵的危险之下。最严重的脑部入侵犯罪就是“幽灵黑客（Ghost Hack）”，在被入侵的情况下整个人的人格，包括过去的回忆和个人的身体判断都将完全受到黑客的支配。为对抗日益新颖的网络犯罪，人们采取了各种措施，例如开发无数的保护墙和屏障，以及通过法规来约束，以及在神经网络系统内部的安全系统的加强等。在这一背景下，内务省特别指派荒卷大辅为部长，组建了一只以草薙素子少佐为队长的秘密特殊部队「公安九课」（通称：攻壳机动队），专门通过一些特殊方式秘密解决无法以常规处理或是需要迅速采取行动的非常状况。公安九课所面对的罪犯，有时可能是政府中的高官，有时可能是偷换他人大脑的投机份子，更有可能是身边的同伴；每一次的案件，都是对人类存在的再思考，亦都可能给队内的每一个队员带来沉重的精神压力。